K
マヤ、ジャックらが所属するテロ組織のリーダー。極めて高い頭脳の持ち主。フードを被って目元、頭部を隠している。ジャックやマリアと携帯で直接連絡をとったり、THIRD-iに捕まったマヤが絶対に自白しないと信じるなど、一部の部下には信頼を置いている。しかし参謀であるJに関しては、部下や任務に対する意識の違いで意見をする、神島の始末を彼の息子であるJの許可なくマヤに命令する、Jの許可なく自ら2代目教祖を名乗る、追い詰められたJの手助けをしないなど、不信感を抱いている部分もある。「ファルコン」の処遇についてもJと対立、不満を感じながら従っている。
J
テロ組織の参謀。
藤丸に匹敵するレベルの頭脳を持っている。本人もそのことを意識しており、自分と藤丸を比較することが多く、自分も藤丸と同じ神の血を引く人間であると豪語している。組織の計画を遥に漏らした宝生を粛清しようとしたり、THIRD-iに連行されたマヤの失態を厳しく追及したりするなど、失敗した部下には嫌悪感を示す。ただし、ミハエルにはかなりの信頼を置いているらしく、敷村ファイルの取得に失敗した時も言及しなかったり、自分の本音や思想観などを話したりすることがある。またヤコブ、カインやアベルなど自分の直属の部下にも一定の信頼を置いている。
任務をゲーム感覚で楽しんでおり、藤丸もそうであると思っているため、Kと意見が合わないことがある。Kとは藤丸の処遇についても意見が合わず、Kの自分に対する不満を電話越しに見抜くなど、Kを心の底から信頼してはいない。藤丸と面会した喫茶店では、ウイルスを撒いたと嘘の情報を流して店内を混乱させ逃亡した。
神島紫門（かみしま しもん）
教団の祖であり、K、Jを育てて組織を拡大した人物。更にはテロ組織の実質的な影の総統。ロシア人の血を引いており、そのことを誇りに思っている。拘置所に収監されていたがJたちにより脱獄、教団と合流する。しかし、収監中に政宗の提案により体の中に放射性マーカーを埋め込まれていたことで藤丸たちの追跡によりアジトを襲撃され、逃亡中にマヤに銃殺される。
折原マヤ（おりはら-）
ロシアで「鍵」となる細菌ウィルスを手に入れた人物。ロシアの連邦保安庁の諜報員を殺している。
「ファルコン」によってセクハラを暴かれ解雇された弥代学院高等部生物教師・日景の後任として藤丸の前に現れる。Kから厚い信頼を寄せられ、直接指示を受けて動いていたが、藤丸たちによってTHIRD-iに連行され、司法取引を持ちかける。その後、宝生と共に藤丸と加納を港に誘い込み、藤丸を連行。遥と音弥の命と引き換えにTHIRD-iへのハッキングを命じる。Jが喫茶店で藤丸と面会した時には、嘘のウイルス散布情報による混乱を大きくした。Kの命令で神島を射殺する。
Kから信頼されている反面、Jからは失敗を厳しく追及され、恐怖を感じている。宝生に仲間意識を感じていた彼女の動揺を恐れたJは、宝生の死を知らせないように配慮した。
ジャック＝デイモン
国際指名手配されている殺し屋。元SWAT隊員だが異常な殺人衝動の持ち主で、無関係の人間を射殺したため免職になった。左手の甲に蝶の刺青がある。マヤと同じく直接Kの指示を受けているため、ミハエルやヤコブたちとは別行動をしていることが多い。
優秀な狙撃手であり、沖田・敷村を射殺し、遥と富永を拉致する。ファイル奪取のため竜之介と宗方を狙うが、藤丸たちに阻止され、右手を犠牲に逃走する。戦闘能力は高く、生物化学研究所から脱出する時には銃を所持する警察の包囲網を、残った左手一本で壊滅させた。
弥代学院を包囲した時には、藤丸の偽装指示に欺かれ校内の仲間を射殺、もしくは行動不能にしてしまう。仲間からの信号で騙されていたことに気付き藤丸・加納・南海と対戦するも敗北。その後、保健室に現れたところを竜之介に射殺される。
城田（しろた）
富永の夫になりすましていた。藤丸に同行し、遥を拉致して逃走する。藤丸の活躍で捕捉されるが、THIRD-iに連行される前に服毒自殺する。
伊庭雅博（いば まさひろ）
警視庁から派遣された捜査官。ジャック、城田と共謀して船木刑事を射殺し、その罪を竜之介に着せる。
立川マリア（たちかわ-）
英の義母。フィリピンのマニラ出身らしく、肌の色が少し濃い。発音が少し訛ってはいるが日本語は上手い。英には母として接しようとしているが、英が血のつながりの無さを意識しており、あまりうまくはいっていない。ひそかにKと連絡を取り合っている。
英に風邪薬と偽ってウイルス入りのカプセル剤を飲ませ、『BLOODY-X』に感染させる。Kから任務終了の連絡と帰還命令を受けた後、英の父を殺害する。
マウーロ＝アラビリア
マリアの実弟。28歳。組織に心酔している。立川水道施設に勤務しており、経営者である英の父を「義兄さん」と呼ぶ。公私ともに信頼されてはいるが、立川家を日本でのテロ活動の隠れ蓑にするためだけに利用している。しかし英には、幾分の良心の呵責を感じていた。何者かと連絡を取り合い、神島が収監されていた拘置所に工事作業員として出入りしていた。
日頃はやや訛りのあるしゃべり方だったが、英を射殺する時には流暢な日本語で語りかけていた。英を射殺した直後に、藤丸の偽装指示で敵と誤認したジャックに射殺される。
ミハエル
情報技術担当。メガネをかけた青年。マヤ、ジャック、マリアとは違い、Jから直接命令を受けている。藤丸には及ばないものの、彼のTHIRD-iへのハッキング方法を一目見ただけで覚え、ウイルスデータを先回りして消したりするなど高いハッキング能力を持つ。Jからは信頼されており、個人的な会話をすることがある。また自身の失態には言及されずにフォローされたため、失態を追及されるマヤには苛立ちを見せる。
ヤコブ
ウィルスの偽装工作を行った後工員を装って車を奪う。無精髭で顔が神島に似ていることからTHIRD-i襲撃の際に神島を逃がすための囮となる。
カイン
金髪に長髪の女性。アベルと常に一緒に行動している。藤丸とJが対峙した喫茶店で、ウィルスに侵された一般客を装い店内を混乱させる。無口なアベルに対し、マヤの失態に苛立つなど感情を表に出す。
アベル
制服姿の少女。カインと常に一緒に行動し、迫真の演技で店内を混乱させる。滅多に話さない。
せいぜつ デスマ バグパイ セミナー ユビキノン バラック フロック ダバッグ パンパ ソドミー リング ウォーム ジョーズ ドーミ クロスバ サイバー バンガ ハミング メンソール しろかもめ ポトス ロリズム ニング ヨヒン ハイク ナビ雑草 レモネード ダウラギ イロード テーション テンショ フルベ ビーフシ マーメ ステイ レリック げんこつ スレーブ フラグ トップモー ランドレ チュクチ モノマー ニーズ トラポコ テンポ エニグ ギャラリー ラスト マーキュリ
その他
敷村壮介（しきむら そうすけ）
高木夫妻とは学生時代からの旧友。大学教授。竜之介から「BLOODY-X」の分析を依頼される。結果を竜之介に渡そうとするが、証拠隠滅を図るジャックに狙撃され死亡する。
高木加奈子（たかぎ かなこ）
藤丸の母（故人）。夫である竜之介とは学生時代から交際していた。生前はブログを運営しており、藤丸はパソコン操作は彼女から教わったと述べている。
宗方瞳（むなかた ひとみ）
竜之介の旧友。正体は敵組織の内通者。サーシャの尋問で敵組織の拠点について証言する。
九条政宗（くじょう まさむね）
法務大臣で音弥の祖父。弥代学院の卒業生。遥と共に数十年ぶりに学院を訪れることになったが、保健室に向かう時に『BLOODY-X』に感染・発症した英を目撃、自身も感染する。その後、抗ウイルス剤によって助かる。
富永京子（とみなが きょうこ）
遥の主治医。遥と一緒に拉致されたが、藤丸らが救出する。夫を宝生に銃殺される。
サーシャ・カバレフスキー
ロシア連邦保安庁（FSB）のエージェント。マヤたちの手によりロシアから持ち出された「BLOODY-X」と中性子爆弾の行方を追って来日する。加納とは2年前まで交際関係にあったらしい。
ホーネット
「世界最強のハッカー」を自負する、クラッカー。Kに依頼されて、藤丸のハッキングを妨害する。表面上は協力しあっているが、心の奥では全くお互いを信頼していない。
用語解説
クリスマスの虐殺
マヤに殺害されたロシアの諜報員が隠し持っていたデータファイルの名称。中には、ホームビデオで撮られたロシアの駅の映像が入っており、最後に映っている全員が吐血して死亡している。第1話冒頭にてロシアでウイルスを入手したマヤが、感染爆発の実験のために提供者にウイルスを感染させたことが原因で起きた事件。
また、このファイルはTHIRD-iでも解読不能だったものを藤丸が解読。その場に居合わせたマヤでさえも唖然とした。
警視庁毒ガステロ事件
2年前に藤丸がある企業のシステムにハッキングした際、宗教組織による大規模なテロ計画の証拠を発見、その計画がTHIRD-iに知らされ組織の教祖であった神島紫門は逮捕されたが、その後教祖奪還を目論んだ部下達が警視庁に対し毒ガステロを実行、約80名の死者を出してしまった。
また、藤丸はそのテロ計画のことを竜之介に教える際に自分が『ファルコン』である事を告白し、以降THIRD-iに協力していた。
BLOODY-X
本編に登場する殺人ウイルスの元になったもので、ソ連で天然痘ウイルスとエボラウイルスとを掛け合わせて作られた。症状は嘔吐と発熱から始まり、皮膚がただれ全身粘膜から出血する。発病後の生存率はほぼゼロという恐ろしいウイルス。
感染後3時間以内に発病し、主に飛沫・接触感染で広がる。人体への感染及び発病を経て活性化し、その感染力を大幅に増す特徴があるため、活性化前の状態における空気感染の力はそれほど高くない。摂氏60度で死滅する。